組織結構圖分為外部組織結構圖和內(nèi)部組織結構圖。

    外部組織結構圖重在描述和外部組織的接口，二級法人需描述其在母體組織中的地位以及與母體組織中其他結構之間的關系；一級法人則可以描述上級行政主管部門和有業(yè)務指導關系的機構。一級法人通常不必在手冊中提供外部組織結構圖。內(nèi)部組織結構圖應真實反映機構的內(nèi)部設置，包括最高管理層的組成和分工、各管理部門和專業(yè)科室的設置，非常設機構的設立以及它們各自在實驗室中的地位、作用和相互關系。內(nèi)部組織結構和外部組織結構優(yōu)勢也可在一張圖中表示出來。

    組織結構框圖中領導關系用實線。這里要注意的是，專業(yè)科室和管理部門雖然在行政級別上是平行關系，但由于管理部門的組織、協(xié)調(diào)和服務職能，在組織機構框圖中有時可居于專業(yè)科室之上。管理部門可用實線和箭頭指向表示他們與專業(yè)科室間的相互關系。非常設機構可用虛線方框表示，和最高管理層中的分管負責人之間用虛線相連。對二級法人的實驗室，當技術保障和供應由實驗室外的其他部門提供時，可用虛線相連。

    在有的國際組織和國外檢測/校準實驗室提供的組織結構圖中有這樣一些情況：上下級之間的連線不帶箭頭；沒有反映出非常機構；方框中沒有職能或指責的簡單描述；管理部門和專業(yè)科室是并行關系，同樣接受實驗室最高管理層的領導等等。